Криво можно поставить винду:

1. На D раздел когда есть возможность поставить на С и нет необходимости мудрить.
2. На раздел ёмкость меньше 20GB, если жёсткий диск позволяет естестсвенно.
3. Поставить "студенческую сборку" с интегрированными дровами.
Дрова поставятся либо не те, либо какие-то урезанные. В итоге появляются разного рода проблемы. Проблема может проявляться на одном компе (читай железе) и не проявляться никак на другом.
4. Поставить урезанную "студенческую сборку", в которой будет не хватать необходимых системных файлов либо файлы будут замены на другие.
5. если не поставить драйвера совсем или частично.
6. если не поставить последние сервиспаки.
7. если не поставить последние версии IE и Windows Media Player. Так как указанные программы являются частью Windows XP и могут нести в себе потенциальную дырку в безопасноти, если версия не последняя. Для Vista и 7 этот пункт актуален частично.
8. с поцарапанного диска.
9. поставить нестабильные версии драйверов.

Думаю что список не окончательный и его мона дополнять.

1. Сразу оговорюсь что имелся ввиду раздел С в начале жёсткого. Жесткий диск устроен так что секторы в начале жёсткого диска на первой пластине всегда имеют меньший seek time чем секторы в середины пластины, в конце пластины и даже секторы в начале второй пластине, так как в электронике hdd начинают работать дополнительные условия и логика, что тоже снижает seek time. Связано это с позиционированием головки и паузой между seek`ами. Есть такой тест hdd называетcя batterfly test вот благодаря ему можно выяснить, где читает с hdd быстрее и где медленее. Мои опыты показывают, что в начале первой пластины hdd всегда меньший seek time. Через год, когда хард забъётся всякой файловой дрянью, позиционирование по секторам станет очень частым вот тогда такая мелочь как выбор раздела для установки начнёт себя проявлять. Это первый момент, хатя не столь важный как второй, но стоить помнить и о нём. Второй момент в том что некоторые кривые программисты пишут софт используя жёсткие пути в коде, например нужна библиотека которая находится в system32, так программер и пишет C:\Windows\system32\... а не использует переменную содержащую путь до системы. В итоге когда винда на разделе с буквой D такой софт работать не будет. Натыкался в своей практике и на подобные случаи. В Win Vista и Seven мелкомягкие впрочем избавились от таких проблем. Seven и Vista всегда обзывает системный раздел буквой С.

2. Это больше связано с тем что не все пользователи знают и понимают как пользоваться D разделом. У меня уже десятки случаев когда винда установлена на C, а D пустой вообще, а клиент жалуется что нет места. Кривых программеров из пункта 1 кстати тоже стоит вспомнить. Ну и не стоит забывать о том что любимый пользователями IE сначала качает на С во временную папку а потом уже на D копирует. Ну и куда качать глупому пользователю 4GB файл если 12 гигов из 15 на С заняты? =) Аналогично и про игрухи компьютерные: некоторые игры создают во временных системных папках очень большие файлы, даже если игра поставлена на D. Существует даже рекомендация раздел под систему делать от 1/4 и более от полного объёма жёсткого диска если объём выше 40GB.