В этом собственно и вопрос :)
Был сделан бэкап жесткого, после чего из него восстанавливались данные. HDD разбит на 3 раздела и после двойного щелчка мышки на любом из них появляется это "C:\resycled\ntldr . com" могу открыть разделы только проводником. Переустановил систему - проблема осталась

Может вот это поможет:
http://ru.wikipedia.org/wiki/NTLDR
http://support.microsoft.com/kb/320397/ru

Я так понимаю, что каким-то образом файлы из загрузочной области диска попали в корзину. А после установки или восстановления там оказались записаны новые, поэтому система грузится, но после загрузки выясняет, что они не одни...

Переустановки системы не помогут, тут что-то другое надо... или полный формат, или восстановление этих файлов... Спроси у Slayera или Dorana, они в этом лучше разбираются...